Michael wurde am 29. Dezember 1969 in Fuchsmühl geboren. Er absolvierte eine Berufsausbildung bei der Bundeswehr zum Zahnarzthelfer. Seit 2001 ist er Sportfachwirt. Von 2002 bis 2014 war er DFB-Koordinator für Talentförderung. Seit 2004 ist er DFB-Fußballlehrer. Köllner schrieb mehrere Trainerhandbücher und Bücher über Fußballtaktiken.
Köllner übernahm im März 2017 den Trainerposten beim Zweitligisten 1. FC Nürnberg. Mit dem Klub stieg er in der Saison 2017/19 in die 1. Bundesliga auf. am 12. Februar 2019 wurde er in der darauffolgenden Saison beurlaubt. Die Nürnberger waren zu dem Zeitpunkt abstiegsgefährdet und bereits im DFB-Pokal mit einem 0:1 gegen den Hamburger SV im Achtelfinale gescheitert.
Köllner wurde am 9. November 2019 durch den TSV 1860 München als Cheftrainer verpflichtet. Mit den Löwen wurde er 2019/20 Bayerischer Toto-Pokalsieger. Außerdem wurde er in der 3. LigaDritthöchste Spielklasse im Meisterschaftssystem des deutsc... Mehr 2021/22 als Trainer der Saison ausgezeichnet.
Köllner wurde am 31. Januar 2023 entlassen.
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